L&T Biowatin johdon muodostavat hallitus, toimitusjohtaja ja johtoryhmä.
Hallitus päättää asioista, joilla on yhtiön toiminnan laajuus huomioon ottaen huomattava merkitys yhtiön toiminnalle. Hallituksen tehtäviin kuuluvat muun muassa yhtiön strategiasta, konsernirakenteesta ja organisaatiosta päättäminen, toimintasuunnitelman ja budjetin vahvistaminen, merkittävistä investoinneista ja yritysostoista päättäminen sekä toimitusjohtajan nimittäminen.
Toimitusjohtaja hoitaa yhtiön juoksevaa hallintoa hallituksen antamien ohjeiden ja määräysten mukaisesti sekä vastaa strategiaprosessista. Toimitusjohtaja esittelee hallitukselle toimintaa ja taloutta koskevat asiat sekä vastaa hallituksen päätösten toimeenpanosta.
Johtoryhmä avustaa toimitusjohtajaa yhtiön johtamisessa. Johtoryhmään kuuluvat toimitusjohtaja ja liiketoimintajohtajat.